非特异性蛋白质-DNA结合在酵母基因组中广泛存在
生物大分子
2012-04-19 v1 基因组学
分子网络
摘要
最近对酵母转录起始位点附近约200个转录调控因子结合偏好的全基因组测量，为真核基因组的顺式调控密码提供了独特见解（Venters等，Mol. Cell 41, 480 (2011)）。本文中，我们表明非特异性转录因子（TF）-DNA结合显著影响酵母基因组启动子区域中大多数转录调控因子的结合偏好。我们证明，SAGA主导基因和TFIID主导基因的启动子可基于非特异性蛋白质-DNA结合自由能景观进行统计区分。特别是，我们预测SAGA主导基因的启动子相比TFIID主导基因的启动子具有更宽的自由能降低区域。我们还表明，特异性与非特异性TF-DNA结合在功能上相互关联，并协同影响酵母中的基因表达。我们的结果表明，非特异性TF-DNA结合被内在地编码于酵母基因组中，并且它在转录调控中可能扮演比先前认为更重要的角色。
引用
@article{arxiv.1204.4046,
title = {Nonspecific Protein-DNA Binding Is Widespread in the Yeast Genome},
author = {Ariel Afek and David B. Lukatsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:1204.4046},
year = {2012}
}