负选择维持人类癌症中的转录因子结合基序
基因组学
2015-11-10 v1 种群与进化
摘要
癌细胞中的体细胞突变影响多种基因组元件，破坏重要的细胞功能。特别地，转录因子识别的 DNA 结合位点上的突变会改变调控因子的结合亲和力和靶基因的表达。许多启动子突变与癌症风险增加相关，已发现选定转录因子结合位点上的突变受到正选择。然而，编码区突变的负选择难以捉摸，且非编码区负选择的重要性仍存在争议。本文我们分析结合位点与非编码变异共定位的转录因子。为避免统计偏差，我们考虑了不同癌症类型的突变特征。对于许多转录因子，包括 FOX、HOX 和 NR 家族的多个成员，我们显示人类癌症中累积的、增加或降低结合基序亲和力的突变少于随机预期。这种基序的保守性在 DNase 可及区域表现得更为明显。我们的数据证明了针对结合位点改变的否定性选择（负选择），并表明该选择压力保护癌细胞免受调控回路的重连。对转录因子及相应保守结合基序的进一步分析可揭示对各种人类癌症存活至关重要的细胞调控通路。
引用
@article{arxiv.1511.02842,
title = {Negative selection maintains transcription factor binding motifs in human cancer},
author = {I. E. Vorontsov and I. V. Kulakovskiy and G. Khimulya and E. N. Lukianova and D. D. Nikolaeva and I. A. Eliseeva and V. J. Makeev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1511.02842},
year = {2015}
}
备注
22 pages, 4 figures, 1 table