利用极值分析识别短基序
基因组学
2009-11-13 v2
摘要
在长 DNA 序列上检测结合位点（即转录因子附着的 DNA 子串）的问题，需要在大量背景中识别一个小模式。对于短结合位点，匹配概率在不同推定结合位点之间可能表现出大幅波动。在此，我们使用了一种自洽的统计程序，该程序正确考虑了匹配概率的大偏差，以预测短结合位点的位置。我们将该方法应用于两种不同情境：(a) 在一组 134 个雌激素调节基因上检测三种特定转录因子的结合位点；(b) 在一组 138 种可能的转录因子中，识别那些结合特定九个基因集的因子。在这两种情况下，实验结果均得以复现（在数据可用时），且与其他常用方法相比，假阳性数量显著减少。
引用
@article{arxiv.0803.4277,
title = {Identifying short motifs by means of extreme value analysis},
author = {Daniela Bianchi and Brunello Tirozzi},
journal= {arXiv preprint arXiv:0803.4277},
year = {2009}
}
备注
6 pages, 5 figures