基于比较基因组学的假定人类转录因子结合位点从头识别
基因组学
2007-05-23 v1
摘要
我们讨论一种简单而有力的从头识别参与转录调控的顺式调控基序的方法。我们提出的方法整合了若干要素：人与小鼠比较、基因组序列的统计分析以及共调控的概念。我们将其应用于整个人类基因组的完整扫描。通过使用 CORG 数据库中收集的保守上游序列目录，我们构建了在人类和小鼠上游区域均共享同一过度代表基序（短 DNA 序列）的基因集合。我们对长度从 5 到 8 个核苷酸的所有可能基序进行此构建，然后筛选所得集合以寻找两类共调控证据：首先，我们分析集合中基因的基因本体（Gene Ontology）注释，寻找统计显著的共同注释；其次，我们分析通过微阵列实验测量的集合中基因的表达谱，寻找共表达证据。通过一个或两个筛选的集合被推测含有显著比例的共调控基因，而刻画这些集合的上游基序因此是参与此类调控的转录因子（TF）结合位点的良好候选。以此方式我们发现了多个已知基序以及一些新的候选结合位点。
引用
@article{arxiv.q-bio/0505005,
title = {Ab initio identification of putative human transcription factor binding sites by comparative genomics},
author = {Davide Cora' and Carl Herrmann and Christoph Dieterich and Ferdinando Di Cunto and Paolo Provero and Michele Caselle},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0505005},
year = {2007}
}
备注
22 pages, 2 figures. Supplementary material available from the authors