将过度表达的上游基序与基因表达相关联：真核生物调控元件发现的计算方法

真核生物的基因调控主要通过转录因子结合到通常位于编码区上游的较短识别基序来实现。我们提出了一种新的计算方法来识别真核基因上游区域的调控元件。这些基因被分组为共享一个在其上游序列中过度表达的短基序的集合。对于每个集合，确定来自微阵列实验的平均表达水平：如果该水平显著高于或低于整个基因组平均值，则该集合中基因共享的过度表达基序很可能在其调控中起作用。该方法通过应用于酿酒酵母基因组进行了测试，使用了公开可得的DNA微阵列实验结果，该实验在从发酵到呼吸的二次转变期间测量了几乎所有基因的表达水平。几个已知的基序被正确识别，并确定了一个新的候选调控序列。