从序列模体、网络推断和相互作用组视角理解远端转录调控
基因组学
2008-03-24 v1 定量方法
摘要
高等真核生物中的基因调控涉及基因近端启动子与远端基因组元件（如增强子）之间的复杂相互作用，共同驱动时空表达。实验表征基因调控元件是一个极其复杂且资源密集的过程。计算生物学的主要目标之一是利用已知注释调控元件的结果，对先前未表征的元件进行*in-silico*注释。这些迄今未表征区域的计算注释需要识别对调控行为具有良好预测价值的特征。在这项工作中，我们将转录调控作为一个异质数据整合问题进行研究，涵盖序列、表达和相互作用组层面的属性。以*Gata2*基因及其最近发现的泌尿生殖增强子作为案例研究，我们检验了各种高通量功能基因组学检测方法在表征这些增强子及其调控作用方面的预测价值。观察了对每个数据模态应用现代统计学习方法的结果，我们提出了一组在定位和行为方面最具区分力的增强子属性。
引用
@article{arxiv.0803.3180,
title = {Understanding Distal Transcriptional Regulation from Sequence Motif, Network Inference and Interactome Perspectives},
author = {Arvind Rao and Alfred O. Hero and David J. States and James Douglas Engel},
journal= {arXiv preprint arXiv:0803.3180},
year = {2008}
}