AISMOTIF——用于DNA基序发现的人工免疫系统
计算工程、金融与科学
2011-07-07 v1
摘要
转录因子结合位点的发现是功能基因组学中一个被广泛探索且仍在探索的研究领域。许多计算工具已被开发用于寻找基序，每种工具都有其自身的优点和缺点。这些算法大多需要关于数据的先验知识来构建背景模型。然而，目前没有一种技术可以被认为是寻找调控基序的最佳方法。本文提出了一种基于人工免疫系统的算法，用于寻找转录因子结合位点或基序，以及两种用于基序评估的新加权分数。该算法是枚举式的，但利用免疫系统概念对模式搜索空间进行了充分的剪枝。通过将AISMOTIF与八种最先进的复合基序发现算法进行比较，评估了其性能，发现AISMOTIF能够在没有任何数据先验知识的情况下，从基准数据集中预测已知基序和新基序。
引用
@article{arxiv.1107.1128,
title = {AISMOTIF-An Artificial Immune System for DNA Motif Discovery},
author = {K. R Seeja},
journal= {arXiv preprint arXiv:1107.1128},
year = {2011}
}
备注
7 pages