DNA-MATRIX：用于DNA基序发现和权重矩阵构建的工具
基因组学
2010-02-06 v2 计算工程、金融与科学
摘要
在计算分子生物学中，全基因组范围内的基因调控结合位点预测对研究人员来说仍然是一个挑战。如今，全基因组调控结合位点预测工具需要直接的模式序列或权重矩阵。尽管存在已知的转录因子结合位点数据库可用于全基因组预测，但没有工具能够根据用户需求构建不同的权重矩阵，也没有工具能够通过首先比对输入的上游或启动子序列，然后在不同级别和文件格式下构建矩阵，从而用于大数据集扫描。考虑到这一点，我们开发了一个DNA MATRIX工具，用于搜索基因上游序列中的推定调控结合位点。该工具使用基于简单生物学规则的启发式算法进行权重矩阵构建，该矩阵可在基序比对后转换为不同格式，从而提供了识别调控基因中最潜在保守结合位点的可能性。用户可以根据对长度为6到20个碱基对的保守比对短序列块的选择，以及在权重评分之前的先验核苷酸频率，以不同形式和文件格式构建并保存特定的权重矩阵或频率矩阵。
引用
@article{arxiv.1001.1984,
title = {DNA-MATRIX a tool for DNA motif discovery and weight matrix construction},
author = {Chandra Prakash Singh and Feroz Khan and Sanjay Kumar Singh and Durg Singh Chauhan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1001.1984},
year = {2010}
}
备注
3 pages IEEE format, International Journal of Computer Science and Information Security, IJCSIS December 2009, ISSN 1947 5500, http://sites.google.com/site/ijcsis/