6mA 甲基化中蛋白质靶向的 DNA 中心机制

蛋白质如何定位特定基因组靶点 remains a central challenge in molecular biology（分子生物学中的核心挑战）。传统的蛋白质中心方法依赖实验室实验和可视化技术，往往缺乏基因组广度解析，无法捕捉活细胞中的生理动力学。本文引入一种 DNA 中心策略，利用原体内 N6-甲基腺嘌呤（6mA）数据解码蛋白质-DNA 识别逻辑。通过将语言学建模与机器学习相结合，我们揭示了两种不同的搜索模式：一种是蛋白质驱动的扩散机制，另一种是 DNA 序列驱动的机制，其中特定基序功能作为蛋白质陷阱。我们进一步在单个序列水平重建高分辨率相互作用景观，并追踪识别基序跨种的演化轨迹。该框架解决了蛋白质中心方法的根本局限，使 DNA 本身成为蛋白质结合行为的内在报告器。