位置权重矩阵的可靠缩放用于转录因子间结合强度比较
基因组学
2015-03-18 v1
摘要
针对位置权重矩阵 (PWMs) 对 DNA 序列进行评分是识别推定转录因子结合位点的广泛采用方法。虽然常见的生物信息学工具产生的评分可以反映特定转录因子与 DNA 之间的结合强度，但这些评分在不同转录因子之间不可直接比较。在此，我们提供了两种不同的方法来寻找缩放参数 ，使我们能够从 PWM 评分推断结合能。第一种方法使用 PWM 和背景基因组序列作为输入来估计特定转录因子的 ，我们应用此方法表明不同转录因子家族的 分布与其 DNA 结合特性相对应。我们的第二种方法可以可靠地在同一转录因子的不同 PWM 之间转换 ，这使我们能够直接比较由不同方法生成的 PWM。这两种方法提供了缩放 PWM 评分和估计转录因子结合位点强度的一致且计算高效的方式。
引用
@article{arxiv.1503.04992,
title = {Reliable scaling of Position Weight Matrices for binding strength comparisons between transcription factors},
author = {Xiaoyan Ma and Daphne Ezer and Carmen Navarro and Boris Adryan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1503.04992},
year = {2015}
}
备注
18 pages, 5 figures and another 6 supplementary figures