从全基因组结合谱估计转录因子的结合性质

转录因子的结合对基因表达至关重要。一个重要特征是推定结合位点在基因组中的实际占据情况。在本研究中，我们提出了一个解析模型来预测基因组占据情况，该模型结合了以位置权重矩阵（PWM）形式给出的转录因子偏好靶序列、DNA 可及性数据（针对真核生物）、预期特异性结合到 DNA 的转录因子分子数目，以及一个调节转录因子特异性的参数。给定 ChIP-seq 谱形式的实际占据数据，我们反向推断出果蝇早期胚胎发育过程中五种转录因子的拷贝数和特异性：Bicoid、Caudal、Giant、Hunchback 和 Kruppel。我们的结果表明，这些转录因子表现出数千个特异性结合到 DNA 上的分子，并且虽然 Bicoid 和 Caudal 表现出较高的特异性，另外三种转录因子（Giant、Hunchback 和 Kruppel）在其结合中表现出较低的特异性（尽管它们的 PWM 具有更高的信息含量）。本研究为先前关于转录因子拷贝数的研究提供了进一步支持，表明很大一部分分子并未特异性结合到 DNA 上。