非特异性转录因子-DNA结合影响酵母中的核小体占据率
生物大分子
2011-11-22 v1 基因组学
摘要
对全基因组水平上调节核小体占据率的原理进行定量理解是真核基因组学中的核心问题。在此，我们以芽殖酵母（Saccharomyces cerevisiae）为模式生物来探讨这一问题。我们对非特异性转录因子（TF）-DNA结合自由能景观进行全基因组计算分析，并将该景观与实验测定的核小体结合偏好进行比较。我们发现，具有增强的非特异性TF-DNA结合的DNA区域在统计学上显著缺乏核小体。因此，我们提出，TF与组蛋白之间对基因组序列的非特异性结合竞争可能是影响体内核小体结合偏好的重要机制。我们还预测，poly(dA:dT)和poly(dC:dG)序列片段是具有最强非特异性TF-DNA结合倾向的基因组元件，从而使TF能够在这些元件处胜过核小体。我们的结果表明，非特异性TF-DNA结合可能为整个酵母基因组的核小体统计定位提供屏障。我们预测，这种屏障的强度随细胞中DNA结合蛋白浓度的增加而增强。我们讨论了所提出的机制与最近发现的活性核小体重构途径之间的联系。
引用
@article{arxiv.1111.4779,
title = {Nonspecific transcription factor-DNA binding influences nucleosome occupancy in yeast},
author = {Ariel Afek and Itamar Sela and Noa Musa-Lempel and David B. Lukatsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:1111.4779},
year = {2011}
}