在 DNA 成环背景下富含 Poly(dA:dT) 的 DNA 具有高度柔性
生物大分子
2013-10-15 v1
摘要
大规模 DNA 变形在原核生物和真核生物的转录调控中普遍存在。虽然人们对转录因子和结合位点组合如何决定基因调控的发生位置和方式已有许多了解，但对间隔 DNA 所起作用的了解却较少。在这项工作中，我们借鉴了在核小体形成和连接酶介导的环化实验中被鉴定为特别有利于或抵抗大变形的序列，探讨了序列柔性对转录因子介导的 DNA 成环的影响。我们考察了一种富含 poly(dA:dT) 且排斥核小体的序列，该序列通常被认为属于高度僵硬的 DNA 类别；两种强烈的核小体定位序列，它们共享一组核小体偏好 DNA 常见的特定序列特征；以及一种富含 CG 的序列，代表了体内与高核小体占有率相关的高 G+C 含量基因组区域。为了测量这些序列在 DNA 成环背景下的柔性，我们结合了体外单分子系留粒子运动实验、一种典型的成环蛋白以及一个统计力学模型，该模型使我们能够定量地将成环概率与成环自由能联系起来。我们发现，与核小体占有率的情况相反，G+C 含量与成环概率并不呈正相关；而且，尽管具有被认为决定核小体亲和力的序列特征，这两种强烈的核小体定位序列在成环背景下的表现却显著不同。最令人惊讶的是，通常被描述为高度僵硬的富含 poly(dA:dT) 的 DNA，实际上表现出我们所测得的最高成环倾向之一。
引用
@article{arxiv.1310.3408,
title = {Poly(dA:dT)-rich DNAs are highly flexible in the context of DNA looping},
author = {Stephanie Johnson and Yi-Ju Chen and Rob Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.3408},
year = {2013}
}
备注
Published version and Supporting Information available at: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0075799