真核生物前起始复合物的全基因组组织受非一致性蛋白-DNA结合影响
生物大分子
2013-03-07 v1 基因组学
摘要
最近Rhee和Pugh (Nature (2012) 483:295-301)在酿酒酵母中高分辨率测量了真核生物前起始复合物(PIC)关键组分的全基因组结合偏好。然而，决定PIC结合特异性的规则仍不清楚。本研究表明，非一致性蛋白-DNA结合显著影响PIC结合偏好。我们估计，这种非一致性结合在每个蛋白、每个核心启动子区域平均贡献至少2-3 kcal/mol的额外吸引自由能。预测的吸引效应在重复的poly(dA:dT)和poly(dC:dG)序列上特别强。总体而言，计算的非一致性蛋白-DNA结合自由能景观与测量的全基因组PIC占有率高度相关。值得注意的是，PIC对TFIID主导和SAGA主导基因的统计结合偏好均与非一致性自由能景观相关，但这两组基因可根据平均自由能谱区分。我们认为，预测的非一致性结合机制为特定启动子元件（如转录因子结合位点、TATA样元件以及PIC组分与核小体的特异性结合）提供了全基因组背景。我们还表明，非一致性结合影响全基因组的转录频率。
引用
@article{arxiv.1303.1302,
title = {Genome-wide organization of eukaryotic pre-initiation complex is influenced by nonconsensus protein-DNA binding},
author = {Ariel Afek and David B. Lukatsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.1302},
year = {2013}
}