基于结合与表达谱汇编的功能性转录因子靶标发现
基因组学
2022-11-29 v1
摘要
绘制转录相关因子(TFs)DNA结合位置的基因组范围实验表明，一个TF结合的基因数远超可能的直接靶基因数。因此，区分功能性结合与非功能性结合是转录调控研究中的主要挑战。我们假设，通过比较多种实验条件下结合谱与表达谱的相关性可发现功能性靶标。为验证此假设，我们从人类ENCODE资源中获取了匹配细胞类型的ChIP-seq和RNA-seq数据，考虑启动子近端和远端累积调控模型将结合位点映射到基因，并采用线性与非线性相关度量的组合来关联结合与表达数据。我们发现，相比仅使用感兴趣细胞类型中的结合位点，基因TF结合谱与表达谱之间的高度相关性更能预测该基因在此TF敲低时差异表达。值得注意的是，从多种细胞类型组合相关性预测的TF靶标也能预测其他细胞类型中的功能性靶标。最后，跨ChIP-seq和RNA-seq实验时间序列的相关性也可预测该组织中功能性TF靶标。
引用
@article{arxiv.1512.05573,
title = {Functional transcription factor target discovery via compendia of binding and expression profiles},
author = {Christopher J. Banks and Anagha Joshi and Tom Michoel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.05573},
year = {2022}
}
备注
15 pages + 8 pages supplementary material; 6 figures, 6 supplementary figures, 5 supplementary tables