利用基于疏水特性的谱图定义剪接必需区域
定量方法
2009-11-06 v1
摘要
我们基于疏水特性定义了新的谱图，并指出了剪接位点周围区域的特异性谱图。我们构建了一个包含来自第21和22号染色体的1-3个内含子的基因侧翼区域集合T。这些基因包含313个内含子和385个外显子，提取自GenBank。它们被用于定义疏水谱图。大多数人类内含子（约99.66%）可能是U2型内含子。它们具有高度简并的序列基序，许多不同的序列可以作为U2型剪接位点。我们的新谱图能够识别具有保守生化特征的区域，这些特征对于剪接体的识别至关重要。我们还发现了从SpliceRack数据库提取的剪接位点集合中U2或U12型内含子的疏水谱图差异，以区分属于U2型和U12型的GT?AG内含子。事实上，内含子类型不能简单地由二核苷酸末端决定。我们表明，内含子类型内部的疏水谱图具有相似性。一方面，属于U2型的GT?AG和GC?AG内含子具有相似的疏水谱图，属于U12型的AT?AC和GT?AG内含子也是如此。另一方面，U2型和U12型GT?AG内含子的疏水谱图完全不同。最后，我们定义并计算了一个p值；我们将我们的谱图与经典方法Pictogram提供的谱图进行了比较。
引用
@article{arxiv.0911.1066,
title = {Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing},
author = {Anatoly Ivashchenko and Galina Boldina and Aizhan Turmagambetova and Mireille Régnier},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.1066},
year = {2009}
}