寻找丢失的内含子
种群与进化
2007-05-23 v1 基因组学
摘要
关于真核生物外显子-内含子组织的出现和后续进化的许多基本问题仍未解决。能够揭示真核生物进化关键方面的基因组规模比较研究，需要足够的计算工具。我们描述了研究剪接体内含子进化的新计算方法。我们的目标是提供内含子进化动力学的可靠表征。我们的算法创新解决了直系同源内含子的识别以及基于似然的内含子数据分析。我们讨论了一种用于评估似然函数的压缩方法，该方法对于一般的系统发育似然问题都值得注意。我们证明，在预处理时间之后，随后的评估在类群系统发育的Yule-Harding随机模型中几乎肯定需要时间，其中是输入序列长度。我们通过编制和分析一个涉及18种真核生物的数据集来证明我们方法的实用性，这比迄今为止任何其他研究都多。该研究得出了一个令人惊讶的结果：祖先真核生物的内含子相当丰富。例如，估计两侧对称动物的祖先拥有的内含子数量是现在脊椎动物的90%以上。
引用
@article{arxiv.q-bio/0702005,
title = {In search of lost introns},
author = {Miklós Csűrös and J. Andrew Holey and Igor B. Rogozin},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0702005},
year = {2007}
}