通过霍尔型不等式与子模性的系统发育灵活性
组合数学
2018-01-15 v2
摘要
给定有限集 的子集族 ,如果对于任意以 为叶集族的 rooted 系统发育树集合 , 是相容的(即存在一个 rooted 系统发育 树能展示 中的每棵树),则称 是系统发育灵活的。我们证明 是系统发育灵活的当且仅当它满足称为“slim”的霍尔型不等式条件。利用子模性论证,我们证明存在一个多项式时间算法来判断 是否为 slim。在所有 中集合大小均为 3 的情况下,该“slim”条件简化为一个更简单的不等式,我们称之为“thin”性质。最近研究表明 thin 集等价于存在一个(无根)树,其中位数函数提供到其顶点集的单射映射;我们在此证明该表示中的无根树总可选择为毛毛虫树。我们还刻画了大小为 2 的子集族 何时为 thin(就全序的灵活性而非系统发育而言),并证明这成立当且仅当关联二部图是森林。我们的结果在系统发育学中的意义在于,为需要树的一致输入的超树方法提供了精确且可有效验证的条件,使其能应用于给定物种子集上的任意输入树。
引用
@article{arxiv.1710.08946,
title = {Phylogenetic flexibility via Hall-type inequalities and submodularity},
author = {Katharina T. Huber and Vincent Moulton and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.08946},
year = {2018}
}
备注
21 pages, 3 figures