系统发育树上数量性状模型的高效复用算法
种群与进化
2015-12-04 v1 概率论
统计方法学
摘要
我们提出了一种高效且灵活的方法，用于计算系统发育树上表型性状的似然。该方法不借助蒙特卡洛计算，而是将 Felsenstein 离散性状剪枝算法与数值积分方法相融合。它不限于高斯模型，并且能容易地适应观测性状值中的模型不确定性。我们通过开发用于似然计算和 Wright 阈值模型下祖先状态重建的高效算法来展示该框架，并将我们的方法应用于跨越 839 个 Labales 物种系统发育树的花外蜜腺（EFNs）性状数据集。
引用
@article{arxiv.1512.00890,
title = {Efficient recycled algorithms for quantitative trait models on phylogenies},
author = {Gordon Hiscott and Colin Fox and Matthew Parry and David Bryant},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.00890},
year = {2015}
}
备注
23 pages, 3 figures