多倍体植物物种家系的概然重建

我们研究多倍体群体（从2x到4x）中家系的概然重建，通过将遗传数据分析为给定基因型中等位基因存在的概率。基于所有可能杂交模式的似然，我们的模型使我们能够推断并量化群体中的整体潜在家系。我们特别解释了如何处理多倍体可能出现的非确定等位基因倍数。然后我们构建了一个特定的惩罚似然来比较家系，并决定特定个体是否带来足够信息以被纳入所取家系中。该决策准则使我们在下一部分能够提出一种贪心算法，以探索缺失链接并追溯重建家系中的某些连接。作为副产品，我们也给出了推断多年来可能被育种者青睐的个体的方法。在最后部分，我们首先在模拟群体上，然后在真实蔷薇灌木群体上，突出了我们模型和算法给出的结果。大部分方法依赖于最大似然原理和图论。