同源多倍体、异源多倍体与带水平弧的系统发育网络

多倍化是一种物种获得其完整染色体组多个拷贝的演化过程。其留下的信号的网状特性意味着系统发育网络为重建受其影响的物种的演化历史提供了一个框架。实现这一目标的主要策略是首先构建一棵所谓的多标记树，然后从中推导出这样的网络。因此出现了以下问题：如果这样的树不易获得，关于那段历史我们能推断出多少？通过将多倍体数据集视为一个我们称之为倍性（水平）剖面的特定向量，我们证明了，除其他结果外，总是存在一个带附加弧的串珠状系统发育树形式的系统发育网络来实现给定的倍性剖面。有趣的是，几乎所有这些附加弧的两个端点可以被解释为在时间上共存，从而为我们的网络增加了生物学现实性，这是系统发育网络通常不具备的特征。此外，我们表明我们的网络可以被视为倍性剖面空间的生成器，这是一个类似于系统发育树空间的新概念，我们引入它是为了能够比较实现相同倍性剖面的系统发育网络。我们用一个公开的 Viola 数据集来说明我们的发现。