一种用于人类基因组剪接位点预测的快速多吸引子细胞自动机与改进克隆分类器
计算工程、金融与科学
2014-04-25 v1
摘要
生物信息学涵盖生物数据的存储、分析和解释。细胞自动机等机器学习方法面临的大多数挑战是如何提供与生物序列相对应的功能信息。在真核生物中，DNA 分为内含子和外显子。内含子将通过称为剪接的过程被移除以形成编码区。通过识别剪接位点，我们可以轻松指定 DNA 序列类别（供体/受体/非剪接位点）。剪接位点在理解基因方面起着重要作用。本文提出了一类能够处理模糊逻辑的细胞自动机 (CA)，并结合改进的克隆算法来识别剪接位点。该分类器在 Irvine 灵长类剪接连接数据库上进行了测试，并与 NNspIICE、GENIO、HSPL 和 SPIICE VIEW 进行了比较。报告的预测准确率和效率相当可观。
引用
@article{arxiv.1404.6020,
title = {A Fast Multiple Attractor Cellular Automata with Modified Clonal Classifier for Splicing Site Prediction in Human Genome},
author = {Pokkuluri Kiran Sree and Inampudi Ramesh Babu and SSSN Usha Devi N},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.6020},
year = {2014}
}
备注
Four Pages, Global Perspectives on Artificial Intelligence (GPAI) Volume 2, April 2014