SeeSite：高效寻找共现剪接位点与外显子剪接增强子
定量方法
2012-06-27 v1 基因组学
摘要
识别剪接位点的问题包含两个子问题：寻找其边界，以及表征其序列标记。出现在内含子和外显子区域的其他剪接元件（包括增强子和沉默子）在剪接活动中起着重要作用。现有的剪接元件检测方法仅限于寻找剪接位点或增强子和沉默子之一，尽管众所周知这些元件是共现的。我们引入了 SeeSite，一种高效且准确的工具，用于检测剪接位点及其互补的外显子剪接增强子。SeeSite 包含三个阶段：图构建、寻找稠密子图，以及恢复剪接位点、ESE 及其共有序列。第三步涉及求解带离群点的共有序列问题，这是一个 NP 完全的字符串聚类问题。我们证明了针对该问题的算法能够在多项式时间内输出近似最优解。使用 SeeSite，我们证明了 ESE 优先与较弱的剪接位点关联，并且特定规范形式的剪接位点与特定的 ESE 共现。
引用
@article{arxiv.1206.5846,
title = {SeeSite: Efficiently Finding Co-occurring Splice Sites and Exon Splicing Enhancers},
author = {Christine Lo and Boyko Kakaradov and Daniel Lokshtanov and Christina Boucher},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.5846},
year = {2012}
}