硅藻及其他具复杂质体的藻类中的多类细胞内蛋白定位预测：ASAFind 2.0
亚细胞过程
2026-01-28 v1
摘要
具红藻起源复杂质体的硅藻及相关藻类细胞高度区室化。这些质体被四层被膜包围，这四层膜还界定了周质体区室（PPC），即第二与第三层膜之间的空间。PPC对应于作为复杂质体祖先的真核藻类的细胞质。代谢反应以及细胞生物学过程发生于该区室中；然而，其确切功能仍不清楚。在质体蛋白的情况下，蛋白定位的自动预测已被证明有助于代谢的基因组范围探索，但迄今为止，尚无用于PPC蛋白预测的自动方法。在此，我们提出了质体蛋白预测器ASAFind的更新版本，其包含可选的PPC蛋白预测功能。新版本ASAFind还接受最新版本SignalP（5.0）和TargetP（2.0）输入数据的输出。此外，我们发布了一个Python脚本，用于计算自定义评分矩阵，以将ASAFind方法调整至其他藻类类群，并包含了以简化分数截断模式使用自定义评分矩阵运行预测的选项。
引用
@article{arxiv.2303.02488,
title = {Multi class intracellular protein targeting predictions in diatoms and other algae with complex plastids: ASAFind 2.0},
author = {Ansgar Gruber and Cedar McKay and Miroslav Oborník and Gabrielle Rocap},
journal= {arXiv preprint arXiv:2303.02488},
year = {2026}
}
备注
22 pages, 2 figures, 2 tabless, Supplemental Information (6 items) available on request