比较氨基酸出现频率与组成用于蛋白质折叠预测
生物大分子
2007-05-23 v3 软凝聚态物质
适应与自组织系统
定量方法
摘要
背景：从氨基酸序列预测蛋白质三维结构是计算/分子生物学中长期目标。对蛋白质折叠的成功判别将有助于提升蛋白质 3D 结构预测的准确度。结果：本工作中，我们提出一种基于线性判别分析（LDA）的方法，利用 1612 个蛋白质集合中氨基酸残基的出现频率，识别属于 30 种不同折叠的蛋白质。本方法能以 37% 的灵敏度从 30 种主要折叠类型中判别球状蛋白质，与文献中其他方法相当或更佳。我们已开发了一个从氨基酸序列预测蛋白质折叠类型的网络服务器，网址为 http://granular.com/PROLDA/。结论：基于氨基酸出现频率的线性判别分析可成功识别蛋白质折叠。本方法具有若干优势，如（i）无须进行两两比较而直接预测蛋白质折叠类型，（ii）可在大量蛋白质间判别折叠，（iii）获取结果非常快。这是一种简单方法，可轻易整合入任何其他结构预测算法中。
引用
@article{arxiv.q-bio/0609037,
title = {Comparison of amino acid occurrence and composition for predicting protein folds},
author = {Y-h. Taguchi and M. Michael Gromiha},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0609037},
year = {2007}
}