尿素通过与核酸碱基形成堆积相互作用和多个氢键使RNA去稳定
生物大分子
2017-01-24 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
用尿素滴定RNA是研究这种重要生物分子稳定力的有效方法。我们使用两种尿素力场和两种RNA构建体进行了全原子分子动力学模拟，以原子细节阐明折叠RNA在尿素水溶液中的去稳定机制。尿素通过与RNA碱基形成多个氢键使RNA变性，并且对磷酸二酯骨架影响很小。最重要的是，我们发现尿素与碱基发生堆积相互作用。我们还首次估计了RNA的m值，该值衡量尿素-RNA相互作用的强度。我们的工作为尿素提高RNA折叠速率的机制提供了概念性理解。
引用
@article{arxiv.0912.1175,
title = {Urea destabilizes RNA by forming stacking interactions and multiple hydrogen bonds with nucleic acid bases},
author = {U. Deva Priyakumar and Changbong Hyeon and D. Thirumalai and Alexander D. MacKerell},
journal= {arXiv preprint arXiv:0912.1175},
year = {2017}
}
备注
22 pages, 17 figures