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小世界振子网络的热力学稳定性:以蛋白质为例

生物物理 2009-05-28 v1 软凝聚态物质 生物大分子

摘要

我们通过将振子的平均均方位移SS与网络拉普拉斯矩阵的特征值谱联系起来,研究了小世界振子网络的振动热力学稳定性。我们表明,交叉连接有效地抑制了SS,并且在小世界网络上存在两个相:1)不稳定相:当p1/Np\ll1/N时,SNS\sim N;2)稳定相:当p1/Np\gg1/N时,Sp1S\sim p^{-1},即S/NEcr1S/N\sim E_{cr}^{-1}。这里,pp是小世界参数,NN是振子数,Ecr=pNE_{cr}=pN是交叉连接数。各种真实蛋白质结构的结果证实了这一点,它们遵循稳定相的相同标度行为S/NEcr1S/N\sim E_{cr}^{-1}。我们还表明,正是“小世界”性质在热力学稳定性中起关键作用,并导致了普适标度S/NEcr1S/N\sim E_{cr}^{-1},而与模型细节无关。

关键词

引用

@article{arxiv.0905.1062,
  title  = {Thermodynamic stability of small-world oscillator networks: A case study of proteins},
  author = {Jie Ren and Baowen Li},
  journal= {arXiv preprint arXiv:0905.1062},
  year   = {2009}
}

备注

7 pages, 5 figures, accepted by Physical Review E