桥接 RNA 基础模型中的序列-结构对齐

RNA 基础模型 (FM) 中序列与结构之间的对齐尚未得到彻底调查。现有 FM 难以在序列与结构之间建立对齐，阻碍了基因组信息在 RNA 序列与结构之间的自由流动。本研究引入 OmniGenome，一款基于结构上下文建模实现序列-结构对齐的 RNA 基础模型。该对齐机制利用灵活的 RNA 建模范式，支持多样化的输入/输出模态，即序列和/或结构可作为输入/输出。我们实现了 RNA 设计和零样次二级结构预测作为案例研究，评估 OmniGenome 在 Seq2Str 和 Str2Seq 映射能力。EternaV2 基准测试结果表明，OmniGenome 解答了 74% 的谜题，而现有 FM 仅解答至 3% 以上。我们利用四个全面的人工基因组建模基准评估其在多样化下游任务中的性能，其中结果显示 OmniGenome 在 RNA 和 DNA 基准上实现最先进性能，尽管其未在 DNA 基因组上进行训练。