吸收边界条件对过渡路径时间统计的影响
统计力学
2018-12-10 v1 软凝聚态物质
生物物理
生物大分子
摘要
我们推导了一维粒子跨越抛物势垒的过渡路径时间（TPT）分布的解析表达式。该解用相关 Fokker-Planck 方程的特征函数和特征值表示。粒子由幂律记忆核产生异常动力学，其中包含无记忆的马尔可夫动力学作为极限情形。我们的结果考虑了吸收边界条件，扩展了已有自由边界下的结果。我们表明，数值模拟得到的 TPT 分布与解析结果高度吻合，而通常采用的自由边界条件会导致对势垒高度的系统高估。这些发现可能有助于过渡路径时间实验结果的的分析。用于执行此分析的网页工具可免费获取。
引用
@article{arxiv.1807.03011,
title = {The influence of absorbing boundary conditions on the transition path times statistics},
author = {Michele Caraglio and Stefanie Put and Enrico Carlon and Carlo Vanderzande},
journal= {arXiv preprint arXiv:1807.03011},
year = {2018}
}
备注
7 pages; 6 figures