用于蛋白质-蛋白质相互作用与信号网络中主要蛋白复合物高效可视化的 EntOptLayout Cytoscape 插件
分子网络
2019-11-04 v2 无序系统与神经网络
计算机视觉与模式识别
生物物理
摘要
动机:复杂生物数据集的网络可视化通常产生无法区分网络模块的“毛球”图像。结果:我们提出基于近期发展的网络表示理论的 EntOptLayout Cytoscape 插件。该插件可高效可视化网络模块,这些模块代表蛋白质-蛋白质相互作用与信号网络中的主要蛋白复合物。重要的是,该工具通过计算输入数据与视觉表示之间的信息损失给出网络可视化的质量评分,较常规方法提升 3 至 25 倍。可用性与实现:该插件(运行于 Windows、Linux 或 Mac OS)及其教程(文字与视频形式)可根据 MIT 许可协议从 http://apps.cytoscape.org/apps/entoptlayout 免费下载。补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。联系方式:[email protected]
引用
@article{arxiv.1904.03910,
title = {The EntOptLayout Cytoscape plug-in for the efficient visualization of major protein complexes in protein-protein interaction and signalling networks},
author = {Bence Agg and Andrea Csaszar and Mate Szalay-Beko and Daniel V. Veres and Reka Mizsei and Peter Ferdinandy and Peter Csermely and Istvan A. Kovacs},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.03910},
year = {2019}
}