SIREN Cytoscape插件：基因调控网络中的交互类型判别
分子网络
2015-12-17 v1
摘要
将表达数据与网络中的基因交互整合对于理解细胞的功能组织至关重要。因此，了解生物网络中的交互类型对于数据解释十分重要。Cytoscape的调控网络签名（SIREN）插件是一个开源Java工具，用于判别基因调控网络中的交互类型（激活或抑制）。利用基于信息论的概念，SIREN通过检查成对基因对应的基因表达谱来识别其交互类型。我们介绍SIREN，一个计算复杂度低、快速且内存高效的工具，允许用户轻松地将其视为许多网络重建方法的补充方法。SIREN允许生物学家使用独立的表达数据来预测已知基因调控网络的交互类型，而重建方法不提供有关其交互类型性质的任何信息。SIREN Cytoscape插件用Java实现，可在 http://baderlab.org/Software/SIRENplugin 以及通过Cytoscape应用管理器免费获取。
引用
@article{arxiv.1512.05067,
title = {SIREN Cytoscape plugin: Interaction Type Discrimination in Gene Regulatory Networks},
author = {Jason Montojo and Pegah Khosravi and Vahid H. Gazestani and Gary D. Bader},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.05067},
year = {2015}
}
备注
5 pages, 2 figures