HIDDENdb：揭示大量基因和蛋白相互作用的共依赖数据库
分子网络
2026-03-10 v1
摘要
基因相互作用和蛋白共依赖关系塑造细胞适应性、缓冲能力及疾病易感性。然而，系统性地整合跨异构数据集中的共依赖关系仍有限。本文提出 HIDDENdb（Harnessing Intelligent Data Discovery to Explore Gene Networks，即“启智发现基因网络”），一个全面的数据库，捕获从大规模扰动屏幕、多组学数据集和精选互作资源库中推断的基因和蛋白共依赖关系。HIDDENdb 将全基因组 loss-of-function 筛选（CRISPR 和 shRNA）与其他无偏资源（BioGRID-ORCS 和 GWAS）相整合，以构建跨多样生物学背景下的共依赖关系图谱。通过稳健的统计建模和网络推断方法，我们识别出在不同细胞系中表现出共享依赖模式的基因和蛋白模块。值得注意的是，顶级排序的基因-基因共依赖对 enriched for 高置信度 AlphaFold 预测的蛋白-蛋白界面，表明部分推断的功能关系可能反映 underlying 结构性相互作用。重要的是，该数据库使用户能够交互式地探索共依赖网络。HIDDENdb 通过 web 界面在 https://bofillderoslab.shinyapps.io/hiddendb/ 上提供免费访问。
引用
@article{arxiv.2603.06903,
title = {HIDDENdb: Co-dependency database reveals a plethora of genetic and protein interactions},
author = {Iresha De Silva and Shantha Pathma Bandu and Rune T. Kidmose and Genona T. Maseras and Thomas Bataillon and Xavier Bofill-De Ros},
journal= {arXiv preprint arXiv:2603.06903},
year = {2026}
}
备注
Applications note: 5 pages and 2 figures