cyTRON与cyTRON/JS：两款基于Cytoscape的癌症演化模型推断应用
基因组学
2019-07-23 v2 信息检索
摘要
癌症样本测序数据的日益可得正推动算法策略的发展，以研究肿瘤异质性并推断可靠的癌症演化模型。我们在此基于先前从基因组改变数据推断癌症进展的工作，交付两款不同的基于Cytoscape的应用，其允许生成、可视化和操纵癌症演化模型，还可与公共基因组和蛋白质组数据库交互。具体而言，我们在此介绍cyTRON，一个独立的Cytoscape应用，以及cyTRON/JS，一个利用Cytoscape/JS功能的网络应用。cyTRON用Java开发；代码见于https://github.com/BIMIB-DISCo/cyTRON以及Cytoscape应用商店http://apps.cytoscape.org/apps/cytron。cyTRON/JS用JavaScript和R开发；该工具的源代码见于https://github.com/BIMIB-DISCo/cyTRON-js，且工具可从https://bimib.disco.unimib.it/cytronjs/welcome访问。
引用
@article{arxiv.1705.03067,
title = {cyTRON and cyTRON/JS: two Cytoscape-based applications for the inference of cancer evolution models},
author = {Lucrezia Patruno and Edoardo Galimberti and Daniele Ramazzotti and Giulio Caravagna and Luca De Sano and Marco Antoniotti and Alex Graudenzi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.03067},
year = {2019}
}