CIBRA识别对肿瘤生物学具有系统范围性影响的基因组变异
基因组学
2024-09-23 v1 定量方法
摘要
背景：基因组不稳定是癌症的标志，导致许多突变事件。识别哪些变异对癌症生物学具有系统性影响是一项具有挑战性的任务。尽管如此，这是确定潜在生物标志物优先级的关键步骤。我们开发了CIBRA（Computational Identification of Biologically Relevant Alterations），一种方法，通过整合两种不同的组学数据类型来确定基因组变异对肿瘤生物学的系统性影响：一种指示基因组变异（例如，基因组学），另一种定义系统范围的表达反应（例如，转录组）。用来评估CIBRA的是33种癌症类型的基因组屏幕，数据来自来自癌症基因组图谱计划和Hartwig Medical Foundation的原发和转移癌症数据。结果：我们通过成功确认实验验证的癌基因和抑癌基因突变的影响，展示了CIBRA的能力。意外的是，许多受结构变异影响的基因被识别出具有强大的系统性影响（30.3%），这表明其在癌症发展中的作用迄今为止主要未被报道。此外，CIBRA仅需十个病例和对照即可识别影响，为优先确定癌症生物学中突出作用的基因组变异提供了一种新方法。结论：我们的发现表明，CIBRA能够通过结合基因组学和转录组数据识别癌症驱动基因。此外，我们的工作显示结构变异在癌症中的意外显著的系统性影响。因此，CIBRA有潜力预筛选和细化当前的基因组变异定义，以派生更细致的生物标志物，用于诊断、疾病进展和治疗反应。CIBRA可在https://github.com/AIT4LIFE-UU/CIBRA获取。
引用
@article{arxiv.2403.03829,
title = {CIBRA identifies genomic alterations with a system-wide impact on tumor biology},
author = {Soufyan Lakbir and Caterina Buranelli and Gerrit A. Meijer and Jaap Heringa and Remond J. A. Fijneman and Sanne Abeln},
journal= {arXiv preprint arXiv:2403.03829},
year = {2024}
}
备注
22 pages, 9 figures