基于 QUIRE 的癌症诊断：信息特征间的二次交互
定量方法
2013-02-18 v1
摘要
基因交互的紊乱或异常是导致包括癌症在内的许多复杂人类疾病的原因，这些交互可通过其表达变化与疾病进展的相关性来识别。然而，在全基因组病例对照研究中检查基因特征间所有可能的组合交互在计算上是不可行的，因为搜索空间呈指数级增长。本文提出了一种名为 QUIRE 的新型计算方法，用于识别癌症诊断中具有判别力的信息基因特征间的复杂交互。QUIRE 分两个阶段工作：首先识别与疾病功能相关的特征组，然后在选定的信息组内探索搜索空间以捕捉基因间的组合关系。利用 QUIRE，我们探索了三种不同类型癌症（肾细胞癌 (RCC)、卵巢癌 (OVC) 和结直肠癌 (CRC)）中信息基因特征的差异模式及其交互作用。实验结果表明，与其他最先进的特征选择方法相比，QUIRE 识别出的基因 - 基因交互能更有效地识别样本的不同癌症阶段，并能更成功地预测 CRC 的复发和死亡。文献综述显示，QUIRE 识别出的许多交互在癌症发展中起着重要作用。
引用
@article{arxiv.1302.3855,
title = {Cancer Diagnosis with QUIRE: QUadratic Interactions among infoRmative fEatures},
author = {Salim Chowdhury and Yanjun Qi and Alex Stewart and Rachel Ostroff and Renqiang Min},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.3855},
year = {2013}
}