通过整合分析 mRNA 表达与 DNA 拷贝数数据进行癌症基因优先排序：比较综述
计算工程、金融与科学
2012-03-23 v1 基因组学
应用统计
统计方法学
摘要
多种全基因组分析技术可用于探测基因组结构与功能的互补方面。对异构数据源的整合分析能够揭示基于单一观察无法检测到的更高层次相互作用。癌症研究中的一项标准整合任务是，基于全基因组基因表达与拷贝数谱测量的联合分析，识别引起相关基因表达改变的基因组变异区域。在本综述中，我们比较了用于整合基因拷贝数与转录改变的全基因组谱数据的各种建模方法，并重点介绍了基因组数据整合的常见途径。我们引入了一种透明的基准测试程序，以定量比较各替代方法的癌症基因优先排序性能。基准测试算法与数据集可在 http://intcomp.r-forge.r-project.org 获取。
引用
@article{arxiv.1111.4639,
title = {Cancer gene prioritization by integrative analysis of mRNA expression and DNA copy number data: a comparative review},
author = {Leo Lahti and Martin Schäfer and Hans-Ulrich Klein and Silvio Bicciato and Martin Dugas},
journal= {arXiv preprint arXiv:1111.4639},
year = {2012}
}
备注
PDF file including supplementary material. 9 pages. Preprint