Progenetix：12 年的肿瘤基因组数据整理
基因组学
2013-11-13 v1
摘要
DNA 拷贝数畸变 (CNA) 存在于大多数癌症基因组中，对于理解肿瘤发生和进展的潜在机制至关重要。自 2001 年首次发布以来，Progenetix 项目 (http://www.progenetix.org) 提供了一个致力于提供最全面的全基因组 CNA 谱集合的参考资源。反映了比较基因组杂交 (CGH) 技术在数万个癌症基因组中的应用，在过去 12 年中，我们的数据整理工作使得通过 Progenetix 展示的癌症样本数量增加了 60 倍以上。此外，还添加了新的数据探索工具和可视化选项。特别是，基因特异性 CNA 频率分析应有助于将癌症基因分配给相关的癌症类型。此外，新的用户文件处理界面允许用户利用在线工具，包括为专有数据在发表前提供各种数据表示选项。在这篇更新文章中，我们报告了该数据库在内容、用户界面和在线工具方面的近期改进。
引用
@article{arxiv.1311.2757,
title = {Progenetix: 12 years of oncogenomic data curation},
author = {Haoyang Cai and Nitin Kumar and Ni Ai and Saumya Gupta and Prisni Rath and Michael Baudis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.2757},
year = {2013}
}
备注
Accepted at Nucleic Acid Research (NAR 2014 database issue)