一种用于癌症基因组共性与差异的整合稀疏提升分析
统计方法学
2022-12-01 v1 基因组学
应用统计
摘要
在癌症研究中，高通量分析已广泛开展。在近期研究中，对多个癌症患者组/亚组数据的整合分析得以实施。此类分析有潜力揭示组间的基因组共性及差异。然而，在现有文献中，特别关注基因组共性与差异的方法非常有限。在本研究中，开发了一种基于稀疏提升（sparse boosting）技术的新型估计与标记物选择方法，以解决共性/差异问题。在技术创新方面，引入了新的惩罚项与增量计算。所提方法还能有效容纳协变量的分组结构。模拟表明，在广泛设置下其可优于直接竞争方法。对两个 TCGA（癌症基因组图谱）数据集的分析表明，所提分析能识别具有重要生物学含义的标记物，并具备令人满意的预测性与稳定性。
引用
@article{arxiv.2211.17205,
title = {An integrative sparse boosting analysis of cancer genomic commonality and difference},
author = {Yifan Sun and Zhengyang Sun and Yu Jiang and Yang Li and Shuangge Ma},
journal= {arXiv preprint arXiv:2211.17205},
year = {2022}
}
备注
13 pages