癌症共同与特异性驱动基因集的发现

癌症已知为一种主要由基因改变引起的疾病。发现突变驱动通路或基因集正成为理解致癌分子机制的重要步骤。然而，系统研究多种癌症类型间驱动基因集的共性与特异性仍是一项巨大挑战，但该探究无疑有益于解析癌症，并有助于癌症治疗中的个性化疗法与精准医学。本研究中，我们提出两种优化模型以从头发现多种癌症类型间的共同驱动基因集（ComMDP）以及某一或多种癌症类型相对于其他癌症的特异性驱动基因集（SpeMDP）。我们首先将ComMDP和SpeMDP应用于模拟数据以验证其效率。随后，我们进一步将这些方法应用于来自癌症基因组图谱（TCGA）的12种癌症类型，获得了若干具有生物学意义的驱动通路。作为示例，我们构建了BRCA与OV的共有癌症通路模型，基于BRCA与八种癌症类型的共同驱动基因集推断了BRCA致癌的复杂驱动通路模型，并探究了液体癌淋巴母细胞急性髓系白血病（LAML）相对于其他实体癌类型的特异性驱动通路。在这些过程中还发现了更多候选癌症基因。