CytoITMprobe：一个用于 Cytoscape 的网络信息流插件
定量方法
2012-03-21 v2 数据库
分子网络
摘要
为了使 Cytoscape 用户能够将 ITM Probe 整合到其工作流程中，我们开发了 CytoITMprobe，一个新的 Cytoscape 插件。CytoITMprobe 保留了 ITM Probe 所有理想的特性，并增加了其网络服务版本无法实现的额外灵活性。它允许通过 Web 服务器或在本地访问 ITM Probe。输入内容由 Cytoscape 网络、信息的期望起点和/或终点以及一个耗散系数组成，通过查询表单进行指定。结果以包含显著节点的子网络和若干汇总表的形式呈现。用户可以控制该子网络的组成与外观，并通过制表符分隔的文件将其 ITM Probe 结果与其他软件工具进行交换。CytoITMprobe 的主要优势在于其灵活性。它允许用户将任何 Cytoscape 网络指定为输入，而不是仅限于通过 ITM Probe 网络服务提供的预编译蛋白质-蛋白质相互作用网络。用户可以提供自己的边权重和方向性。因此，与 ITM Probe 网络服务不同，CytoITMprobe 可应用于蛋白质网络之外众多其他基于网络的研究领域。它还支持将 ITM Probe 结果与具有互补数据分析功能的其他 Cytoscape 插件无缝整合。
引用
@article{arxiv.1112.0045,
title = {CytoITMprobe: a network information flow plugin for Cytoscape},
author = {Aleksandar Stojmirović and Alexander Bliskovsky and Yi-Kuo Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1112.0045},
year = {2012}
}
备注
16 pages, 6 figures. Version 2