eXamine：探索网络中的注释模块
计算工程、金融与科学
2014-07-23 v1 社会与信息网络
定量方法
摘要
背景：生物网络对于解释高通量组学数据日益重要。整合网络分析利用统计和组合方法提取较小的子网络模块，并执行富集分析以用本体术语或其他可用知识对模块进行注释。此过程产生一个注释模块，该模块保留原始网络结构并将富集信息包含为一个集系。主要瓶颈在于缺乏能够同时探索提取模块的网络结构及其注释的工具。结果：本文提出了一种针对具有大量基于集的注释的小型模块的视觉分析方法，该方法在节点 - 链接图上以轮廓形式显示注释。我们引入了自组织地图的扩展，以统一方式布局节点、链接和轮廓。该方法的实现作为 Cytoscape 应用程序 eXamine 免费提供。结论：eXamine 能准确传达由数十种蛋白质和注释组成的小型注释模块。我们通过引导式案例研究证明，eXamine 有助于解释整合网络分析的结果。这项研究获得了关于病毒编码 G 蛋白偶联受体 US28 的新生物学见解。
引用
@article{arxiv.1407.2101,
title = {eXamine: Exploring annotated modules in networks},
author = {Kasper Dinkla and Mohammed El-Kebir and Cristina-Iulia Bucur and Marco Siderius and Martine J. Smit and Michel A. Westenberg and Gunnar W. Klau},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.2101},
year = {2014}
}
备注
BioVis 2014 conference