TRONCO：一个从异质性基因组数据推断癌症进展模型的 R 包
定量方法
2016-02-11 v6 基因组学
应用统计
摘要
动机：我们介绍 TRONCO（TRanslational ONCOlogy），一个开源 R 包，实现了从（表观）基因组突变谱推断癌症进展模型的最先进算法。TRONCO 可用于提取群体水平模型，描述横断面样本队列中变异积累的趋向，例如从公开数据库中检索的样本；以及个体水平模型，在可获得多个样本（例如多次活检或单细胞测序数据）时，揭示单个癌症患者的克隆进化史。所得模型可为揭示癌症的进化轨迹提供关键线索，特别是在精准医疗或个性化治疗中。可用性：TRONCO 基于 GPL 许可发布，托管于 http://bimib.disco.unimib.it/ 的软件板块，并归档于 bioconductor.org。联系：[email protected]
引用
@article{arxiv.1509.07304,
title = {TRONCO: an R package for the inference of cancer progression models from heterogeneous genomic data},
author = {Luca De Sano and Giulio Caravagna and Daniele Ramazzotti and Alex Graudenzi and Giancarlo Mauri and Bud Mishra and Marco Antoniotti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1509.07304},
year = {2016}
}