DeDaL：用于生成和变形数据驱动及结构驱动网络布局的 Cytoscape 3.0 插件
定量方法
2015-02-03 v2 基因组学
分子网络
摘要
结合生物网络对分子谱数据进行可视化和分析，能够提供对生物功能的新机制洞察。目前，高通量数据通常被可视化在预定义的网络布局之上，而这些布局并不总是适应特定的数据分析任务。我们开发了一款 Cytoscape 插件，允许基于导入为节点属性值的分子谱数据构建生物网络布局。DeDaL 是一款 Cytoscape 3.0 插件，它利用线性和非线性降维算法，基于多维数据（通常是基因表达数据）生成数据驱动的网络布局。DeDaL 实现了多种数据预处理和布局后处理步骤，例如在两个任意网络布局之间进行连续变形，以及通过旋转和镜像将一个网络布局与另一个对齐。结合这些功能，有助于创建既能反映结构网络特征又能体现多变量数据中相关模式的富有洞察力的网络布局。DeDaL 是首个允许从高通量数据构建生物网络布局的方法。DeDaL 可免费下载，并附有逐步教程，网址为 http://bioinfo-out.curie.fr/projects/dedal/。
引用
@article{arxiv.1501.06101,
title = {DeDaL: Cytoscape 3.0 app for producing and morphing data-driven and structure-driven network layouts},
author = {Urszula Czerwinska and Laurence Calzone and Emmanuel Barillot and Andrei Zinovyev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.06101},
year = {2015}
}