用于分析大型多体蛋白质复合物集合的多尺度可视化下钻方法
人机交互
2019-09-25 v1 生物大分子
摘要
在研究多体蛋白质复合物时，生化学家使用的计算工具可提出数百乃至数千种可能的空间构型。然而，实验上只能验证其中极小的一部分。本文提出一种新颖的多尺度可视化下钻方法，该方法与蛋白质组学专家紧密合作设计，能够对构型空间进行系统性探索。我们的方法利用数据的层次结构——从整个蛋白质复合物构型集合到单个构型、其接触界面以及相互作用的氨基酸。我们的新方案基于针对各个层次级别交互链接的 2D 和 3D 视图，并且在每个级别提供一组选择和过滤操作，使用户能够缩小需手动仔细审查的构型数量。此外，我们提供了一个专用的过滤界面，为用户提供所应用过滤操作的概览，并使他们能够检查这些操作对所探索集合的影响。以此方式，我们维护了探索过程的历史记录，从而使用户能够返回到探索的早期节点。我们通过合作蛋白质组学专家进行的两个案例研究证明了我们方法的有效性。
引用
@article{arxiv.1907.04112,
title = {Multiscale Visual Drilldown for the Analysis of Large Ensembles of Multi-Body Protein Complexes},
author = {Katarína Furmanová and Adam Jurčík and Barbora Kozlíková and Helwig Hauser and Jan Byška},
journal= {arXiv preprint arXiv:1907.04112},
year = {2019}
}