蛋白质环套接工作流程的可视化支持
人机交互
2024-07-30 v1
摘要
在理解和重构蛋白质功能于现代生物化学中，蛋白质工程师正越来越多地关注称为“环”的蛋白质区域的探索。分析这些区域的各种特征有助于专家设计将一种蛋白质的所需功能从另一种蛋白质转移的过程，此过程被称为环套接。我们设计了一组交互式可视化，为专家在整个环套接管道步骤提供视觉支持。工作流程被划分为多个阶段，反映管道的步骤。每个阶段都由针对蛋白质及其环的特定抽象化二维视觉表示组成，这些表示与蛋白质的三维视图相互链接。在依次经过各个阶段后，用户塑造潜在的环套接候选列表。最后，在原位计算中将这些候选环从一种蛋白质插入另一种蛋白质，并将结果可视化呈现给用户。如此，蛋白质及其环的全计算理性设计结果为新设计的蛋白质结构，进一步可组装并通过体外实验进行测试。我们展示了在改变工程酶酶选择性的真实案例情境中，所提可视化支持设计的贡献。此外，我们提供了专家反馈。
引用
@article{arxiv.2407.20054,
title = {Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins},
author = {Filip Opálený and Pavol Ulbrich and Joan Planas-Iglesias and Jan Byška and Jan Štourač and David Bednář and Katarína Furmanová and Barbora Kozlíková},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.20054},
year = {2024}
}