基于云端的 NetworKit 蛋白质残基相互作用网络交互式可视化
社会与信息网络
2022-03-03 v1 人机交互
机器学习
摘要
网络分析已应用于多种应用领域。在本文中，我们考虑一个来自蛋白质动力学的例子，具体而言是残基相互作用网络（RINs）。在此背景下，我们使用 NetworKit——一个成熟的网络分析软件包——来构建一个基于云的环境，使领域科学家能够在大型计算服务器上运行其可视化和分析工作流，而无需广泛的编程和/或系统管理知识。为展示该方法的通用性，我们用它构建了一个用于 RIN 可视化的自定义基于 Jupyter 的小部件。与现有的 RIN 可视化方法相比，我们的小部件可通过简单修改 Python 代码轻松定制，同时支持良好的功能集并提供近实时速度。它也可轻松集成到分析流水线中（例如，使用 Python 将 RIN 数据输入下游机器学习任务）。
引用
@article{arxiv.2203.01263,
title = {Interactive Visualization of Protein RINs using NetworKit in the Cloud},
author = {Eugenio Angriman and Fabian Brandt-Tumescheit and Leon Franke and Alexander van der Grinten and Henning Meyerhenke},
journal= {arXiv preprint arXiv:2203.01263},
year = {2022}
}