基因流对基于溯祖的物种树推断的影响
种群与进化
2017-10-12 v1
摘要
当前大多数在溯祖模型下推断物种级系统发育的方法都假设物种形成后没有基因流。虽然一些研究检验了基因流对某些方法估计准确性的影响，但直接评估基因流在物种系统发育中潜在影响的解析工作仍然有限。在本文中，我们考虑了一个三分类群的带迁移隔离模型，该模型允许姐妹分类群在物种形成后的短暂时期内发生基因流，并允许整个树上有效种群大小的变化。我们推导了该模型下三种基因树拓扑的概率，并表明对于基因流和有效种群大小参数的某些选择，存在异常基因树（即与物种树不一致但概率高于与物种树一致的基因树的基因树）。我们刻画了产生异常树的参数空间区域，并表明与物种树一致的基因树的概率可以任意小。然后我们表明 SVDQuartets 方法在姐妹分类群间基因流模型下理论上是有效的。我们研究了其在模拟数据上的性能，并将其与另外两种常用的物种树推断方法 ASTRAL 和 MP-EST 进行了比较。模拟表明，当存在基因流时，ASTRAL 和 MP-EST 在统计上可能是不一致的，而 SVDQuartets 表现良好，尽管对于某些参数选择可能需要大样本量。
引用
@article{arxiv.1710.03806,
title = {The effect of gene flow on coalescent-based species-tree inference},
author = {Colby Long and Laura Kubatko},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.03806},
year = {2017}
}
备注
19 pages, 7 figures