基于溯祖模型从四重基因树分布估计物种树
种群与进化
2011-08-09 v1 基因组学
摘要
本文提出一种新方法，命名为“四重邻接法”（quartet neighbor joining，简称 quartet-NJ），用于从给定分类群集合 T 的所有四分类群子集上的无根四重基因树经验分布推断 T 上的无根物种树。特别地，quartet-NJ 可用于从 T 上的基因树分布估计 T 上的物种树。quartet-NJ 算法在概念上与传统邻接法非常相似，其在多物种溯祖模型下的统计一致性通过经典“摘樱桃”定理的一个变体得以证明。为展示 quartet-NJ 的适用性，我们在两个不同物种树（分别包含五个和九个分类群）上模拟了溯祖过程，并将 quartet-NJ 应用于模拟的基因树分布。此外，还将 quartet-NJ 应用于从九种原核生物的 28 个蛋白质的多序列比对中获得的四重分布。
引用
@article{arxiv.1108.1628,
title = {Estimating Species Trees from Quartet Gene Tree Distributions under the Coalescent Model},
author = {Martin Kreidl},
journal= {arXiv preprint arXiv:1108.1628},
year = {2011}
}
备注
26 pages, 5 figures, 2 tables