NANUQ：在合并模型下从基因树推断物种网络的方法
种群与进化
2019-05-20 v1 统计理论
统计理论
摘要
物种网络推广了物种树的概念，以允许杂交或其他侧向基因转移。在网络多物种合并模型下，源于一个网络的各个基因树可以具有任意拓扑，但出现的频率依赖于网络结构和数值参数。我们提出一种在该模型下从由基因树拓扑组成的数据统计推断 1-级物种网络的新算法，并给出其理论依据。该算法基于对基因树上显示的四个分类单元组合（quartets）的分析，将若干统计假设检验与组合思想相结合，例如适用于网络的基于 quartet 的分类单元间距离、用于圆形分裂系统的 NeighborNet 算法，以及用于构建分裂图的 Circular Network 算法。
引用
@article{arxiv.1905.07050,
title = {NANUQ: A method for inferring species networks from gene trees under the coalescent model},
author = {Elizabeth Allman and Hector Banos and John Rhodes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.07050},
year = {2019}
}