基于聚结的四分歧频率局部分支支持快速计算
定量方法
2016-05-10 v3 种群与进化
摘要
物种树重建因不完全谱系排序（ILS）效应而复杂化，通常用多物种聚结模型建模。虽然在开发给定基因树集合估计物种树的方法上已取得实质进展，但对快速准确量化支持的方法关注较少。本文中，我们提出一种快速算法，针对给定物种树的每个分支相对于给定基因树集合计算基于四分歧的支持。然后我们展示四分支持如何用于多物种聚结模型背景下计算 i) 该分支在物种树中的局部后验概率，以及 ii) 以聚结单位为单位的分支长度。我们在广泛模拟和生物学数据上评估局部后验概率的精确率和召回率，显示其相比多基因座自举具有非常高精确率和改善的召回率。当基因树误差小时估计分支长度高度准确，但当基因树估计误差增加时则被低估。分支长度和局部后验概率的计算已作为新特性在ASTRAL中实现。
引用
@article{arxiv.1601.07019,
title = {Fast coalescent-based computation of local branch support from quartet frequencies},
author = {Erfan Sayyari and Siavash Mirarab},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.07019},
year = {2016}
}